El proceso de depuración de aguas residuales está influenciado por la presencia de microorganismos que degradan y convierten la materia orgánica generando alimento a otros organismos que intervienen en el proceso de depuración. Entre estos organismos encontramos a bacterias, hongos, protozoos, metazoos, cada uno jugando un papel importante en el proceso de depuración. Su estudio es determinante a la hora de evaluar la eficiencia del proceso. Cada tipo de organismo es indicador de las circunstancias que se presentan en el reactor. En base a esto se han desarrollado índices bióticos que nos asesoran del estado de un sistema de fango activo y que permiten una mejora en la explotación de las instalaciones de depuración.