La microbiota intestinal se ha constituido como una diana terapéutica en el tratamiento de enfermedades de tipo inflamatorio tanto de localización intestinal (enfermedad inflamatoria intestinal) como de carácter sistémico, como puede ser el síndrome metabólico. El desarrollo de  estrategias terapéuticas dirigidas a restaurar la composición de la microbiota intestinal, como puede ser mediante la administración de probióticos o prebióticos, puede tener un efecto beneficioso en el síndrome metabólico.