Sus principales líneas de investigación se han centrado en el estudio de los diferentes tipos de organización social, sus sistemas de producción, el ambiente en el que se desarrollaron, así como sus transformaciones en el espacio y en el tiempo.

Asimismo, el Grupo ha planteado como líneas de trabajo la difusión y papel social de la Arqueología, la conservación de los yacimientos arqueológicos y las técnicas estadísticas e informáticas para el estudio y tratamiento de los datos arqueológicos.

Por último hay que destacar el programa de excavaciones arqueológicas sistemáticas desarrolladas por el Grupo en yacimientos prehistóricos de gran entidad como Los Millares (Santa Fe de Mondújar, Almería), Peñas de los Gitanos (Montefrío, Granada), Cerro de la Encina (Monachil, Granada), Castellón Alto (Galera, Granada), Peñalosa (Baños de la Encina, Jaén) y la Motilla del Azuer (Daimiel, Ciudad Real).

Sus principales líneas de investigación son:

- Estudios de los diferentes tipos de organización social prehistórica en el sur de la Península Ibérica.

- Uso y control del territorio en el sur de la Península Ibérica durante la Prehistoria Reciente

- Cambio climático y evolución del paisaje en el sur de la Península Ibérica a lo largo de la Prehistoria Reciente.

- Informatización y gestión automática del registro arqueológico.

- Protección, conservación y difusión de los yacimientos arqueológicos