Este grupo de investigación RNM-125: Redes tróficas pelágicas continentales se creó a finales de los años 80, con objeto de profundizar en el conocimiento del funcionamiento de los sistemas acuáticos y en el desarrollo de herramientas y productos para una gestión sostenible de los recursos hídricos. El grupo ha añadido a su oferta de investigación y transferencia tecnológica las siguientes líneas: Caracterización, predicción y diagnóstico de la calidad de las aguas en sistemas acuáticos someros litorales (lagunas, estuarios y zonas portuarias) y continentales (lagunas, lagos, balsas de almacenamiento) y Modelado de flujos en interfases acuáticas (agua-sedimento y agua-atmósfera) y en medios porosos.

Sus líneas de investigación son las siguientes:

- Biodiversidad en ecosistemas acuáticos.

- Biogeografía y función del bacterioplancton.

- Ecología de la resurrección en sistemas acuáticos.

- Estudio de la sedimentación de partículas en ecosistemas acuáticos.

- Eutrofización de sistemas acuáticos.

- Interacción agua-sedimento.

- Materia orgánica disuelta en ecosistemas acuáticos.

- Mecánica de fluidos ambientales.

- Modelación de la calidad del agua.

- Modelado de calidad de las aguas en sistemas acuáticos litorales y continentales.

- Modelado de procesos de transporte y contaminación en interfases acuáticas y en medios porosos.

- Nuevas tecnologías para el tratamiento de aguas y para la restauración de ecosistemas acuáticos: adición de partículas magnéticas.

- Oxigenación hipolimnética.

- Paleolimnología y cambio global.

- Zooplancton.